Vraag:
Kan ik technische replicaties modelleren in DESeq2?
Konrad Rudolph
2017-05-24 14:32:27 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik zou normaal collapseReplicates gebruiken (of de ineenstorting stroomopwaarts doen) om technische replicaties te verwerken.

In mijn huidige RNA-seq experimentele ontwerp werden monsters echter twee keer gesequenced het gebruik van verschillende protocollen voor bibliotheekvoorbereiding, wat leidt tot duidelijke verschillen in de resulterende schattingen (in feite verklaart de keuze van een ander protocol de meeste variantie in de bulkgegevens volgens PCA). Ik zou deze verschillen daarom willen modelleren door ze als een covariaat toe te voegen aan het DESeq2-model.

Ik dacht ik zou gewoon een andere factor aan de ontwerpformule kunnen toevoegen, gelijk aan het "pasilla" -voorbeeld in het DESeq2-vignet, dat de factor type toevoegt voor het bibliotheektype (single-end versus paired-end). Het pasilla-vignet stelt echter dat deze verschillende bibliotheken in feite onafhankelijke biologische replica's zijn, geen technische replica's zoals ik eerder had aangenomen.

Ik ben nu bezorgd dat het hebben van technische replica's in het ontwerp het vermogen kunstmatig zou kunnen opblazen. Kan het ontwerp worden gered?

Het is vermeldenswaard dat we ook biologische replica's hebben en een volledig ontwerp; d.w.z. elke combinatie van behandeling en bibliotheekvoorbereiding, met biologische replicatieonderzoeken.

Twee antwoorden:
#1
+5
Devon Ryan
2017-05-24 15:20:26 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Praktisch gezien is er geen manier om de technische replicatieonderzoeken in dat ontwerp op te nemen (in ieder geval in DESeq2). Uw bezorgdheid over het opblazen van het vermogen is precies correct en de enige manier om dat te bestrijden is door een paringsfactor toe te voegen, zoals bij case-control of tumor-normale studies. Dat wil zeggen, zoiets als:

  groepsbibliotheek Prep sample 1 WT A 12 WT B 13 MUT A 24 MUT B 25 WT A 36 WT B 37 MUT A 48 MUT B 4  

Hier koppelt sample de technische replicaties aan elkaar. Dit is echter ofwel een gebrekkige rang of uiteindelijk niet meer informatief.

#2
+5
A_Skelton73
2017-05-24 16:09:19 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Als het echt technische replica's zijn, is er geen manier om ze te modelleren met DESeq2 *, zoals je hebt aangegeven met de functie collapseReplicates . DESeq2 / Mike Love's algemene aanbeveling met collapseReplicates is om de reads bij elkaar op te tellen voor technische replicates.

Als u ze wilt modelleren in plaats van ze samen te vouwen, kunt u uw gegevens voom transformeren en een voorbeeld volgen dat lijkt op sectie 11.3 in de Limma-gebruikershandleiding.

(Codevoorbeeld uit 11.3):

Ontwerp

  | Bestandsnaam | Cy3 | Cy5 || --------- |: -----: | ----: || Bestand1 | wt1 | mu1 || Bestand2 | wt1 | mu1 || Bestand3 | wt2 | mu2 || Bestand4 | wt2 | mu2 |  

Voorbeeld

  > biolrep <- c (1, 1, 2, 2) > corfit <- duplicateCorrelation (MA, ndups = 1, block = biolrep) > fit <- lmFit (MA, block = biolrep, cor = corfit $ consensus) > fit <- eBayes (fit) > topTable (passen, aanpassen = "BH")  

* Bewerken: zoals @Devon Ryan vermeldt, kun je een gekoppeld model ontwerpen in DESeq2 , maar pas op voor het behalen van deze volledige rang.

Dit antwoord doet me denken dat we ondersteuning voor tafelopmaak op deze website nodig hebben: tabellen met kenmerken / tellingen /… zullen hier zeer gebruikelijk zijn.
@KonradRudolph - Akkoord, het was jammer toen ik ontdekte dat markdown-tabellen niet werden ondersteund!


Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...