Vraag:
Is er een openbaar beschikbare multi-omics-dataset?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik ben op zoek naar een multi-omics-dataset die genomics, transcriptomics en proteomics kan bevatten (bijv. snyderome). Ik heb zo'n dataset nodig voor een inleidende data-exploratie. Het kan dus afkomstig zijn van elk gastheerorganisme en alle experimentele methoden / omstandigheden.

Is er een database / repository waar ik het kan vinden?

Heb je ze echt alle 3 nodig of zullen er 2 werken? Wilt u voor "genomics" histonmarkeringen (of methylering) of alleen DNAseq (bijv. Voor het aanroepen van varianten)?
genomics (DNAseq) zou essentieel zijn. alle lagen rusten (minstens twee) zouden werken.
[Bewerk] uw vraag en verduidelijk wat u nodig heeft. Moet alles uit dezelfde cel of hetzelfde individu komen? Bent u op zoek naar de set van tot expressie gebrachte eiwitten, getranscribeerd RNA en de bijbehorende genoomsequentie? Of misschien die van een specifieke aandoening? Wat is parallelle genomica?
Ik wilde een suggestie doen om de vraag opnieuw te formuleren, maar blijkbaar heb ik de bewerking gemaakt. Als er nu niet staat wat je wilde, verander het dan gerust terug ...
Drie antwoorden:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Er is een database met de naam OmicsDI, waar men naar multi-omics-datasets kan zoeken.

Hier is een link van de bijbehorende publicatie (Perez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets." BioRxiv (2016): 049205.) voor meer details.

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Er zijn verschillende datasets beschikbaar op GEO, maar u moet er wel naar zoeken. Hier zijn bijvoorbeeld drie datasets met zowel Illumina-methylering als genexpressie-microarray-profilering:

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Naast OmicsDI heeft de EBI een speciale repository voor multi-omics datasets: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Het linkt de verschillende datasets tussen opslagplaatsen, dwz. PRIDE voor MS / MS-gebaseerde gegevens en ArrayExpress voor RNASeq-gegevens.



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...