Vraag:
Phyre2 vs ITasser, compleet verschillende modellen gegenereerd
Te-Yo
2017-05-19 23:59:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Heeft iemand ervaring met het genereren van pdb-structuren met de online tools van Phyre en ITasser? De resultaten die worden gegenereerd met dezelfde invoer van de aminozuursequentie zijn heel verschillend en ik vraag me af of dit een gebruikelijke ervaring is. Ik weet dat ITasser de nummer 1 was in de CASP-routes, maar zouden de resultaten echt zo verschillend moeten zijn?

U moet uw modellen altijd door een modelkwaliteitsbeoordelingsprogramma halen om de betrouwbaarheid te beoordelen, en de beste kiezen.
Twee antwoorden:
#1
+5
Rosalind Was Robbed
2017-05-20 09:11:29 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik ben minder bekend met Phyre, maar I-TASSER is een echt geavanceerd systeem dat de resultaten van een zoekopdracht met behulp van meerdere threaders gebruikt en ze in een ab initio-simulatie steekt die probeert de energie van de modellen te minimaliseren door er veel mogelijke 3D-conformaties, waarvan ik denk dat Phyre dat niet doet.

https://en.wikipedia.org/wiki/I-TASSER#/media/File:I-TASSER-pipeline. jpg

Vergelijk met een vergelijkbaar workflowschema voor Phyre:

http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/images /nprot.2015.053-F1.jpg http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html

Structuurvoorspelling heeft nog een lange weg te gaan, en je krijgt altijd betere resultaten als er nauwe homologen beschikbaar zijn in het VOB, maar gezien de consistente hoge prestaties van I-TASSER in CASP zou ik die resultaten als belangrijker beschouwen . Dat gezegd hebbende, kan het geen kwaad om meerdere antwoorden te overwegen.

Bewerken: blmoore's link naar tweede helft van Phyre-protocolschema opgenomen

Je linkt alleen naar de eerste helft van de phyre2-workflow: http://www.nature.com/nprot/journal/v10/n6/fig_tab/nprot.2015.053_F2.html
#2
+1
Joe Healey
2019-04-04 13:13:28 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dit is misschien niet het hele antwoord op de vraag, maar een belangrijk verschil tussen Phyre en ITasser (ik denk dat ik gelijk heb als ik zeg), is dat Phyre alleen regio's teruggeeft van het model dat het als voldoende goed gemodelleerd beschouwt, dus het is misschien geen model van volledige lengte. ITasser daarentegen genereert altijd modellen op ware grootte.

Zoals een van de andere antwoorden al aangeeft, is het erg afhankelijk van het eiwit dat u interesseert. Als het niet goed wordt weergegeven in de databases, zullen de initiële threading-fasen geen goede modellen opleveren, en de volgende stappen lijden er allemaal onder.



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...