Vraag:
Wat is het verschil tussen ENCODE Tier 1, 2 en 3 celtypen?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De ENCODE Experiment Matrix bij UCSC geeft een overzicht van de verschillende beschikbare celtypen onder de categorieën "Tier 1", "Tier 2" en "Tier 3". Wat is het verschil tussen deze classificaties?

Wat maakt bijvoorbeeld GM12878 tot een Tier 1-celtype en A549 tot een Tier 2-celtype?

enter image description here

Lees [A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Twee antwoorden:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De niveaus geven de oorspronkelijke prioriteit aan van het rangschikken en verwerken van de monsters. Dit is begrijpelijk gezien het aantal markeringen en experimenttypen dat ENCODE probeerde te rangschikken. Verdere details zijn beschikbaar op de ENCODE-website.

Bewerken : om een ​​beetje uit te breiden, moesten cellen van niveau één eerst worden verwerkt. Toen kwam tier 2 op de tweede plaats. Natuurlijk had niveau 2 VEEL meer cellen, dus het werd opgesplitst in 2 en 2,5, aangezien er blijkbaar al niveau 3-cellen waren.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Van de Encode-website:

... Om te helpen bij de integratie en vergelijking van gegevens die zijn geproduceerd met behulp van verschillende technologieën en platforms, heeft het ENCODE-consortium celtypen aangewezen die door alle onderzoekers zal worden gebruikt. Deze veel voorkomende celtypen omvatten zowel cellijnen als primaire celtypen, en er worden plannen gemaakt om het gebruik van primaire weefsels en embryonale stamcellen (ES) te onderzoeken.

Celtypen zijn grotendeels geselecteerd om praktische redenen, waaronder hun brede beschikbaarheid, het vermogen om ze gemakkelijk te laten groeien, en hun vermogen om voldoende aantallen cellen te produceren voor gebruik in alle technologieën die door ENCODE-onderzoekers worden gebruikt. Secundaire overwegingen waren de diversiteit in de weefselbron van de cellen, de representatie van de afstammingslijn van de kiemlaag, de beschikbaarheid van bestaande gegevens die zijn gegenereerd met behulp van het celtype en coördinatie met andere lopende projecten. Er is ook geprobeerd om ten minste enkele celtypen te selecteren die een relatief normaal karyotype hebben ...



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...