Ik heb eerder de tumorzuiverheid geschat met de EXPANDS, een afgeleid tumorheterogeniteitsprogramma dat is ontworpen om het aantal klonale subpopulaties in overeenkomende tumor- / normale monsters te berekenen. De zuiverheid is in wezen de grootte van de grootste subpopulatie die in die steekproef is geïdentificeerd - dit wordt besproken in de FAQ van het programma. Naast een gematchte tumor / normaal exoom- of genoomsequencing heb je ook het somatische kopie-nummer nodig als een seg-bestand als invoer. Er bestaan ​​ook andere programma's voor dit soort afgeleide heterogeniteitsanalyse - waarvan sommige u ook een mate van zuiverheid kunnen geven, zijn: Absoluut, ThetA, SciClone, CHAT, PyClone en Canopy. Een completere lijst lijkt hier te zijn.

Het enige andere dat ik zou suggereren is om een ​​schatting te maken via een orthogonale meting van de zuiverheid om op zijn minst te proberen te beoordelen hoe de verschillende methoden presteren met jouw gegevens, e . g . u heeft mogelijk clonaliteitsindicaties van cytogenetica / FISH of histologisch onderzoek, of misschien FACS. Het kiezen van samples waarvan bekend is dat ze puur / onzuiver zijn via een of meer van deze, kan je helpen een idee te krijgen van hoe goed verschillende methoden presteren.

Wat betreft schatting zonder een normale sample is het enige programma dat eruitziet alsof hulp is QuantumClone, maar daarvoor is meer dan één tumormonster van de patiënt nodig, hetzij ruimtelijk of tijdelijk verschillend om de analyse uit te voeren.

Ook als u een lage dekkingsgraad heeft, lijkt het erop dat CNAnorm nuttig kan zijn met slechts één monster.

Het zijn meestal CNV-bellers die gebruik maken van Tumor / Normal WGS-paren om de zuiverheid te schatten. Het kan ook worden gedaan met WES (exome) Tumor / Normal-paren.

Er zijn verschillende tools beschikbaar, ik heb enige ervaring met degene die is geschreven door Illumina (openbaar op Github):

https://github.com/Illumina/canvas

Het vereist het opnieuw uitlijnen van dingen met bowtie2, dus ik denk niet dat het bestaande gegevens kan uitlijnen met andere aligners. Ik weet niet zeker waarom.

Celluloid zendt kopie-nummerprofielen en tumorzuiverheid / ploïdie-informatie uit. Er is een leuke tutorial https://github.com/mathieu-lemire/celluloid_0.11_tutorial. Een ding om in gedachten te houden is dat celluloid meerdere oplossingen zal vinden en dat het benutten van de plotgereedschappen essentieel is om te bepalen welke oplossing de juiste is. Meestal is de eerste oplossing correct, maar soms ook niet.

Een ander vergelijkbaar hulpmiddel is TITAN, waarvoor wellicht ook de ideale oplossing met de hand moet worden geannoteerd.