Vraag:
Hulpmiddelen voor het simuleren van Oxford Nanopore-leesbewerkingen
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zijn er gratis open source softwaretools beschikbaar om Oxford Nanopore-reads te simuleren?

Waarvoor bent u van plan gegevens te simuleren? Naar mijn mening is er, gezien de rijkdom aan publiek beschikbare echte datasets, weinig behoefte aan simulatie, behalve in zeer specifieke use-cases.
Het is vaak handig om een ​​variant of een ander type genomisch artefact te simuleren om te evalueren of een tool of set tools het artefact correct kan identificeren. Dit is veel gemakkelijker te doen met gesimuleerde gegevens waarvan u het exacte antwoord weet, en is buitengewoon waardevol, zelfs als de gesimuleerde gegevens geen perfecte weerspiegeling zijn van echte gegevens.
Vier antwoorden:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Bij toeval heb ik net vandaag gehoord van een nanopore-leessimulator, NanoSim. Het is vrijgegeven onder een GPL-licentie. Ik heb het echter nooit gebruikt ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Simulatoren speciaal ontworpen voor Oxford Nanopore:

Algemene simulatoren voor lang lezen:

Voor een volledige lijst van bestaande leessimulatoren, zie pagina 15 van mijn proefschrift, nieuwe rekentechnieken voor het in kaart brengen en classificeren van Next-Generation Sequencing-gegevens .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Naast de al genoemde NanoSim zijn er ook SiLiCO en ReadSim (hoewel deze al meer dan twee jaar niet zijn bijgewerkt) , dus ik weet niet zeker hoe relevant het op dit punt is, gezien de snelheid waarmee de technologie vordert).

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

De beste nanopore-leessimulatoren zouden worden geassocieerd met de beste basisoproepen. Voor een base-caller om de DNA-streng effectief te modelleren, moet hij rekening houden met het verwachte onderliggende elektrische model samen met de bijbehorende signaalruis (zowel in de tijddimensie als de amplitudedimensie). In theorie zou het mogelijk moeten zijn om het algoritme om te keren en een elektrisch signaal te genereren met een onderliggende sequentie.

Helaas ken ik geen tools die proberen nanoporiën-uitlezingen op elektrisch niveau te simuleren. Elke "nanopore-leessimulator" die zich alleen concentreert op de basissequentie, zou alle mogelijke softwaremodellen voor basisoproepen moeten omvatten, wat een onmogelijke taak is (vooral gezien de snelheid waarmee ONT hun eigen basisoproepen bijwerkt).



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...