Vraag:
Hoe construeer je een cladogram van intraspecie-relaties?
twmccart
2017-05-18 00:20:52 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik heb SNP-gegevens van verschillende rijstvariëteiten die ik heb gebruikt om uitlijningen te produceren, maar ik denk niet dat de gebruikelijke modellen en algoritmen die worden gebruikt voor het genereren van fylogenetische bomen geschikt zijn, omdat deze cultivars niet het resultaat zijn van soortvorming. en zijn gekruist in hun geschiedenis. Hoe kan ik hun mate van verwantschap het beste berekenen en visualiseren?

U gaat uit van een boomtopologie wanneer u een cladogram wilt tekenen. Onder deze aanname kunt u gewoon typische boombouwers gebruiken. Hun belangrijkste aanname is de boomachtige relatie.
Drie antwoorden:
#1
+4
nuin
2017-05-18 09:30:57 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Zelfs met inteelt en andere genetische verschijnselen die de daadwerkelijke evolutie van deze cultivars zouden kunnen maskeren, zou elke fylogenetische methodologie in staat zijn om relaties nauwkeurig vast te stellen.

Probeer een Neighbor Joining-boom te maken met MEGA, wat een van de eenvoudigste beschikbare methoden is. Dit zou je genoeg moeten geven om de relaties van de cultivars te controleren.

#2
+1
Jonathan Moore
2019-08-21 19:58:38 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Als de accessies onderling gekruist zijn (in strijd met een boomachtige fylogenie), zou je Splitstree kunnen proberen, dat probeert een boomachtige fylogenie te schatten met toegevoegde hybridisatiegebeurtenissen.

#3
  0
Michael
2019-08-21 20:08:51 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Wacht, je hebt gelijk, maar bomen werken hier niet.

Dit is het gebied van populatiegenetica. U genereert allelfrequenties voor elke locus. De allelfrequenties zullen worden gebruikt om Hardy-Weinberg-evenwicht, F-statistieken, Fst en Fis uit te voeren.

H-W begint met Structure API om uit te rekenen hoeveel populaties je hebt. Dit is essentiële informatie voor de volgende twee analyses:

  • Fis is hier vooral handig omdat het de inteeltcoëfficiënt is, hoe dichter bij 1 het is, hoe meer inteelt de gegevens hebben doorgemaakt .

  • De eerste afstanden kunnen worden gebruikt om een ​​boom te genereren, maar dit is geen model van puntmutaties, maar eerder een model van migratie tussen populaties. Je kunt de afstandsmatrix in MEGA invoeren en er een boom van maken, Fstat API (denk ik) zal het voor je doen.

Popgen is moeilijk om je hoofd te begrijpen aanvankelijk, maar je zult er wel aan wennen.



Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...