Vraag:
Converter tussen PDB of mmCIF en MMTF
marcin
2017-06-13 18:29:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik zou graag MMTF willen testen, een nieuw formaat voor het opslaan van biomoleculaire structuren dat door RCSB wordt gepromoot als een compacter alternatief voor mmCIF en PDB.

Van MMTF FAQ:

  • Hoe converteer ik een PDBx / mmCIF-bestand naar een MMTF-bestand?

    De BioJava-bibliotheek bevat methoden om PDBx / mmCIF-bestanden en MMTF-bestanden te lezen en te schrijven.

Kan ik een dergelijke conversie uitvoeren, idealiter vanaf de opdrachtregel, maar zonder mijn eigen Java-programma te schrijven ?

Vier antwoorden:
Rosalind Was Robbed
2017-06-15 03:42:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik heb een heel snel en vies script geschreven om de conversie tussen bestandstypen af ​​te handelen met BioJava.

https://github.com/eedlund/Utils/tree/master/BioUtils

Download het jar-bestand hier

Om uit te voeren: java -jar BioUtils.jar $ FILE $ TYPE

waarbij \ $ FILE een PDB- of mmCIF-bestand is dat u wilt converteren en \ $ TYPE het formaat is van het uitvoerbestand [PDB, CIF, MMTF].

Houdt dit rekening met biologische samenstellingen, of converteert u eenvoudig b.v. MMTF naar een VOB van de asymmetrische eenheid?
Marcin Magnus
2017-06-13 23:55:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Je hebt gekeken naar deze https://github.com/rcsb/mmtf-python

"De python-implementatie van de MMTF API, decoder en encoder."

maar hoe gebruik je het om te converteren tussen MMTF en iets anders?
Er is ook een C ++ encoder / decoder beschikbaar hier: https://github.com/rcsb/mmtf-cpp
James
2019-11-27 18:46:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Dit Python-script gebruikt Biopython en doet zijn werk goed, zelfs op grote constructies. Bijvoorbeeld:

python cif2pdb.py 4ckh-assembly-1.cif 4ckh-assembly-1.pdb

Dit genereert de onderstaande structuur.

A large protein structure

De vraag ging over het converteren van / naar MMTF. Voor PDB <-> mmCIF zijn er te veel tools om ze allemaal op te noemen. Ik onderhoud bijvoorbeeld [gemmi] (https://github.com/project-gemmi/gemmi) die minstens een orde van grootte [sneller] zou moeten zijn (https://github.com/project-gemmi/ mmcif-benchmark) dan BioPython en het converteert ook meer velden (maar ik ben duidelijk bevooroordeeld).
@marcin Bedankt voor de waarschuwing. Aangezien dit waarschijnlijk een meer gebruikelijke conversie is, heb ik een nieuwe [vraag] geopend (https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/10896/how-to-quickly-and-robustly-convert-between-mmcif-and -pdb).
jgreener
2020-03-31 16:31:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

U kunt dit doen met BioStructures.jl in Julia. Alle 6 transformaties tussen PDB / mmCIF / MMTF zijn mogelijk.

Bijvoorbeeld, PDB naar MMTF: 

  met behulp van BioStructuresstruc = read (in_filepath, PDB) writemmtf (out_filepath, struc)

mmCIF naar MMTF: 

  met behulp van BioStructuresstruc = read (in_filepath, MMCIF) writemmtf (out_filepath, struc)


ⓘ
Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...