Vraag:
Hoe worden posities visueel aangegeven in de UCSC Genome Browser?
DarthPaghius
2018-03-17 17:54:41 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik ben een beetje in de war over hoe de positie-indices in de browser werken. Is basisnummer 755440, op basis van de onderstaande afbeelding, een A of een G?

De algemene vraag is hoe werken de indexeringsgidsen? Is de basis precies onder de | degene die overeenkomt met de index of is het degene net voor de |?

enter image description here

Een antwoord:
terdon
2018-03-17 18:55:00 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Het is een A. Het nummer verwijst naar de positie net voor de | . Dit is duidelijker op verschillende zoomniveaus, maar ik heb het dubbel gecontroleerd door naar het allereerste begin van een chromosoom te gaan:

chr7 position 1-15

Zoals je kunt zien in de afbeelding hierboven, staat de | altijd achter de basis waarnaar hij verwijst. Ik bevestigde ook door een paar willekeurige posities te controleren met een andere genoombrowser die de posities ondubbelzinnig boven elke basis plaatst.

Voor meer details, zie deze UCSC-blogpost.

Ja en de reden hiervoor is dat we alles intern opslaan als op nul gebaseerde coördinaten, maar dan alles weergeven in een 1-gebaseerd formaat. Zie de volgende blogpost voor meer informatie: http://genome.ucsc.edu/blog/the-ucsc-genome-browser-coordinate-counting-systems/
@ChristopherLee bedankt! Ik had eigenlijk een antwoord uitgeschreven waarin stond dat het de positie _after_ moest zijn, aangezien de bedbestanden beginnen bij 0 en dacht toen om te controleren, om er zeker van te zijn, en was zeer verbaasd dat het eigenlijk de positie ervoor was!


ⓘ
Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...