Vraag:
controleert op spike-in sequentiecontroles
719016
2017-08-31 12:41:10 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Ik zou graag willen weten wat mensen verifiëren bij het ontwerpen / gebruiken van spike-in controles, die gebruikt worden in sequentie-experimenten (voornamelijk Illumina). Tot dusver heb ik deze lijst bedacht:

  • Komt het alleen overeen met een gegeven synthetische genoomreferentie?
  • Bevat het G-quadruplexen? Bijv. QGRS Mapper
  • Bevat het bekende Illumina-foutmotieven? (Doet dit nog meer voor recente platforms / chemie?) Zie dit artikel
  • Bevat het andere motieven waarvan bekend is dat ze polymeraseremmers zijn? Ref

Nog iets?

Een antwoord:
SmallChess
2017-09-04 11:04:41 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Disclaimer : ik ben een ontwikkelaar voor http://www.sequin.xyz.

Sequin is een nieuwe set spiked- in besturingselementen voor sequencing van de volgende generatie, en dat geldt ook voor Illumina. We ontwerpen controles voor RNA-Seq, genoomsequentiebepaling, metagenomica enz.

Bestudeer onze papers als u meer details wilt.

  • Reference Standards For Next-Generation Sequencing door Hardwick zou een goed begin moeten zijn.

Hier is mijn lijst:

  1. Gemeten telt mee tegen inputconcentratie. Pearson's correlatie, spearman-correlatie en regressiehelling.
  2. PCA-analyse
  3. Of de synthetische uitgelijnd is met de synthetische referentie
  4. Verrijkte hoeveelheid (bijv. Verdunning)
  5. Diagnostische statistieken
  6. ROC-curve
  7. Detectielimiet

(1) is belangrijk omdat de controles u correlatie = 1 moeten geven , en helling = 1 in een perfect foutloos experiment. Dit is een voorbeelduitvoer (u kunt er meer over lezen in onze artikelen):

enter image description here

(2) Dit is ons voorbeeld-PCA ( onze paper heeft de details)

enter image description here

(3) is ook belangrijk, maar je kunt dat alleen doen in simulaties.

(5)

enter image description here

(6)

enter image description here

(7)

enter image description here

Staat Anaquin / Sequin het ontwerp toe van nieuwe spike-in-besturingselementen die niet aansluiten op een reeks referenties?
@719016 Pailletten gaan ervan uit dat de verrijkte waarden zijn uitgelijnd met een synthetische referentie.
Is het mogelijk om nieuwe spikeins te ontwerpen voor een nieuwe synthetische referentie?
Controleert het of de set van synthetische referentie uniek is ten opzichte van andere genomen en uniek tegen zichzelf?


ⓘ
Deze Q&A is automatisch vertaald vanuit de Engelse taal.De originele inhoud is beschikbaar op stackexchange, waarvoor we bedanken voor de cc by-sa 3.0-licentie waaronder het wordt gedistribueerd.
Loading...